El departamento fue creado por decreto número 31 del Ejecutivo, emitido el 10 de noviembre de 1871, firmado por el general Miguel García Granados. Según Fuentes y Guzmán el nombre de Zacapa se origina del náhuatl zacatl que significa “zacate o hierba” y apan que forman “en el río”. Por el decreto en mención se separó del Corregimiento de Chiquimula, cuyo territorio por lo extenso que era se dividió en dos, entonces se crearon los departamentos de Chiquimula y Zacapa.